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El programa ha sido concebido con una duración mínima de 4 y máxima de 8 semestres. Parte escencial de este plan es la realización de una tesis, reflejo de un trabajo de investigación original. Este programa contempla 3 asignaturas obligatorias básicas, 4 obligatorias de profundización, 2 electivas y seminarios. Los cursos obligatorios de profundización deben ser escogidos en dos líneas de investigación.
Líneas de Investigación: Algebra (álgebras no asociativas, formas cuadráticas); Análisis Funcional y Teoría de Operadores (aplicaciones a problemas de la física matemática); Matemáticas Aplicadas (ecuaciones diferenciales parciales, problemas de valores de contorno aplicados a modelos matemáticos); Geometría Compleja (superficies de Riemann, variedades abelianas).
El plan de estudio, de carácter tutorial, es dinámico en su concepción, permitiendo al alumno optar, después del primer semestre, a dos líneas de profundización de las 4 existentes. Esto garantiza una sólida formación a nivel básico y especializado.